省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室成立于2015年12月。实验室主要围绕国家战略和区域发展需求开展高水平基础研究和应用基础研究，引领区域科技创新，汇聚和培养高层次人才，服务于三江源生态保护和高原农牧业绿色高质量发展。
实验室总面积15000平方米，搭建了以校内外共享为主的分析测试中心和专业研究平台，下设流式细胞仪实验室、影像中心、电子探针室、原子光谱室、激光拉曼室、等离子体光谱质谱室、气相色谱质谱室、液相色谱质谱室、扫描电镜室X射线衍射室等实验室，满足对外开放、服务社会和学校科研的需求。
自2016年起实验室以二级学院建制实行实体化运行，目前拥有固定人员95人。其中，国家级人才计划入选者9人，省部级人才计划入选者40余人。实验室在读硕博士研究生200余人。
实验室成立以来，主持和参与项目共计473项，获批经费合计4.15亿元。其中，主持国家重点研发计划项目5项、国家自然科学基金项目151项。先后获得国家科技进步二等奖1项，省部级科技奖30项；出版专著9部；培育新品种8个；发表科研论文700余篇。在三江源区草地生态恢复及可持续管理、高寒矿区生态修复、高原野生动植物多样性保护、空中水资源开发利用、高原农作物新品种选育与推广、藏羊和牦牛高效规范生产等领域取得系列成果。
